A la fin des années 80, la volonté du club de Montlebon a été de créer un club composé des clubs suivants: Les Fins US, Villers SC, Le Chateleu, Morteau et Montlebon. A la tête de ce projet Denis Sire, fervent partisan d’une fusion, président de Montlebon, alors en Division Honneur, a soumis ce projet qui a été rejeté.
Revenu à la charge en 1993, le projet de fusion est passé de 5 à 2 clubs. Morteau périclitait alors en seniors mais avait un potentiel jeune intéressant. Montlebon descendait de DH, avec quelques équipes de jeunes (dont les Cadets en Excellence Ligue).

La mouture prenait forme en 1994. La « A » allait redescendre de PH et la « B » monter en PL. Avec deux équipes au même niveau ce ne fût pas évident au départ. Le FCMM a gravi les échelons pour atteindre la Division Honneur en 2005.La politique « jeunes » se mettait en place par Thierry Vernier, suivi par Stéphane Begel puis Joël Amiotte, amenant nos équipes jeunes (18 ans, 15 ans, 13 ans, benjamins) en championnat de Ligue 10 ans plus tard. Autrefois, dans les championnats de district chez les jeunes, nous avons hissé nos équipes au niveau ligue.
Le club est efficace dans la formation des jeunes puisque chaque année, nos meilleurs éléments s’expatrient dans les plus grands clubs de la région.
En partenariat avec le collège Jeanne D’Arc, une section sportive football s’est développée petit à petit.

Aujourd’hui plus question de Montlebon ou Morteau, on parle du FCMM. La proximité des villages et le « brassage » des hommes habitant Montlebon puis Morteau et inversement, y a été pour beaucoup.